W Izbie Administracji Skarbowej w Bydgoszczy prowadzone są następujące rejestry i archiwa:

1. Rejestr biegłych skarbowych.
   Listę biegłych skarbowych w Izbie Administracji Skarbowej w Bydgoszczy prowadzi dział egzekucji administracyjnej. Lista udostępniana jest na prośbę zainteresowanego podmiotu w siedzibie Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy w budynku przy ul. Wrmińskiego 18, pokój 211 od poniedziałku do piątku w godzinach od 7.00 do 15.00,.
2. Rejestr pism i spraw.
   Wszelkie czynności związane z rejestrowaniem, ewidencjonowaniem i archiwizowaniem dokumentów są dokonywane w oparciu o obowiązujące przepisy oraz regulacje wewnętrzne.
3. Ewidencja skarg wnoszonych do WSA i NSA.
4. Rejestr skarg i wniosków.
5. Archiwum zakładowe wraz z magazynami w poszczególnych urzędach skarbowych, urzędzie celno-skarbowym i oddziałach celnych.

Prowadzenie archiwum zakładowego Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy należy do zakresu działania komórki Samodzielny Referat Archiwum prowadzone jest w siedzibie Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy przez wyznaczonego pracownika, który dokonuje udostępnienia przechowywanej dokumentacji na wniosek zainteresowanego podmiotu za zgodą Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy.
Udostępnienie dokumentacji do celów naukowo-badawczych odbywa się, o ile nie narusza to prawnie chronionych interesów państwa i obywateli, zgodnie z treścią Rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 27 września 2005 r. w sprawie sposobu, zakresu i trybu udostępniania danych zgromadzonych w rejestrze publicznym. Udostępnienie danych zawartych w rejestrach publicznych następuje na wniosek złożony w formie pisemnej lub elektronicznej, wyłącznie po wskazaniu zadania publicznego i podstawy prawnej jego realizacji oraz zobowiązaniu podmiotu ubiegającego się o udostępnienie danych do ich wykorzystania wyłącznie do realizacji zadania publicznego. Podmiot, któremu udostępniono dane zgromadzone w rejestrze odpowiada za bezpieczeństwo i integralność uzyskanych danych.

Prowadzenie rejestrów i archiwum w Izbie Administracji Skarbowej w Bydgoszczy regulują:

1. Ustawa z dnia 14 lipca 1983 r. o narodowym zasobie archiwalnym i archiwach;
2. Obwieszczenie Ministra Finansów z dnia 22 marca 2016 r. w sprawie ogłoszenia jednolitego tekstu zarządzenia Ministra Finansów w sprawie wprowadzenia jednolitego rzeczowego wykazu akt w izbach skarbowych i urzędach skarbowych;
3. Zarządzenie Nr 47 Ministra Finansów z dnia 15 lipca 2015 r. zmieniające zarządzenie w sprawie obsługi kancelaryjnej izb i urzędów skarbowych oraz organizacji i zakresu działania archiwów zakładowych i składnic akt w tych organach;
4. Ustawa z dnia 5 sierpnia 2010 r. o ochronie informacji niejawnych;
5. Ustawa z dnia 26 stycznia1984 r. Prawo prasowe;
6. Ustawa z dnia 17 lutego 2005 r. o informatyzacji działalności podmiotów realizujących zadania publiczne;
7. Rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 27 września 2005 roku w sprawie sposobu, zakresu i trybu udostępniania danych zgromadzonych w rejestrze publicznym;
8. Ustawa z dnia 29 września 1994 r. o rachunkowości;
9. Ustawa z dnia 17 czerwca 1966 r. o postępowaniu egzekucyjnym w administracji;
10. Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa;
11. Zarządzenie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy nr 56/2019 z dnia 18 czerwca 2019 r. w sprawie nadania Regulaminu Organizacyjnego Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy.