Do kompetencji Naczelnika należą w szczególności:

1. wnioskowanie do Dyrektora o powołanie oraz odwołanie Zastępcy Naczelnika Urzędu Skarbowego;
2. wyrażanie stanowiska w zakresie spraw osobowych dotyczącego stosunku pracypracowników, tj. zatrudnianie pracowników, ich zwalnianie, przenoszenie, awansowanie, ustalanie wynagrodzenia, nagradzanie;
3. udzielanie urlopów wypoczynkowych Zastępcom Naczelnika Urzędu Skarbowego i bezpośrednio podległym kierownikom i pracownikom;
4. udzielanie pisemnych upoważnień poszczególnym pracownikom do załatwiania spraw w imieniu Naczelnika Urzędu Skarbowego, w tym także do wydawania decyzji i postanowień;
5. składanie sprawozdań i informacji przedkładanych, centralnym organom administracji państwowej, jednostkom samorządu terytorialnego, Rzecznikowi Praw Obywatelskich, posłom, senatorom, sądom, prokuraturze, oraz udzielanie informacji dla prasy, radia i TV;
6. podejmowanie decyzji w sprawie wyłączenia pracowników od załatwiania spraw;
7. podpisywanie korespondencji do Ministerstwa Finansów, innych urzędów centralnych, izb skarbowych, izb celnych, urzędów kontroli skarbowej, prokuratur oraz organów bezpieczeństwa państwa;
8. udzielanie odpowiedzi na wystąpienia i zarządzenia pokontrolne wydane w następstwie kontroli przeprowadzanych w Urzędzie;
9. podpisywanie imiennych upoważnień do kontroli podatkowej;
10. występowania do banków i innych instytucji finansowo - kredytowych o udzielenie informacji objętych tajemnicą bankową o stanie konta podatnika i dokonywanych operacjach;
11. udzielanie pełnomocnictw dla radcy prawnego i pracowników do reprezentowania Naczelnika Urzędu Skarbowego przed sądami powszechnymi i organami orzekającymi;
12. podejmowanie decyzji i składanie oświadczeń woli wynikające z dyspozycji art. 58 ustawy o finansach publicznych w sprawach umorzeń, odroczeń i rat udzielanych dla spłaty należności wyłączonych z regulacji Ordynacji Podatkowej;
13. podejmowanie rozstrzygnięć, podpisywanie pism i zajmowanie stanowiska w innych sprawach z zakresu bezpośrednio nadzorowanych komórek organizacyjnych, za wyjątkiem przekazanych do ostatecznej aprobaty kierownikom;
14. reprezentowanie Urzędu na zewnątrz;
15. przedkładanie Dyrektorowi i innym uprawnionym organom sprawozdań z działalności Urzędu;
16. rozstrzyganie sporów kompetencyjnych między komórkami organizacyjnymi Urzędu;
17. sprawy dotyczące skarg i wniosków;
18. sprawy wynikające z przestrzegania tajemnicy skarbowej;
19. występowanie do sądu z wnioskiem o wpis i wykreślenie hipoteki przymusowej, nadanie tytułom wykonawczym klauzuli wykonalności i nakazanie wyjawienia majątku;
20. podejmowanie decyzji w sprawie prowadzenia egzekucji z nieruchomości;
21. akceptacja zwrotu podatku od towarów i usług powyżej kwoty określonej przez Ministra Finansów;
22. wydawanie rozstrzygnięć w toku prowadzonych postępowań karnych skarbowych oraz rozstrzygnięć kończących te postępowania;22
23. podejmowanie decyzji o skierowaniu do Generalnego Inspektora Informacji Finansowej informacji o wprowadzaniu do obrotu finansowego wartości majątkowych pochodzących z nielegalnych lub nieujawnionych źródeł;
24. dysponowanie środkami pieniężnymi zgromadzonymi na rachunkach bankowych urzędu obsługującego Naczelnika Urzędu Skarbowego.