Naczelnik urzędu sprawuje ogólny nadzór nad procesami podstawowymi realizowanymi przez wszystkie komórki organizacyjne urzędu oraz sprawuje służbowe zwierzchnictwo i nadzór nad pracą wszystkich pracowników obsługujących naczelnika. Do wyłącznych uprawnień naczelnika należy:
1) wydawanie wewnętrznych procedur organizacyjnych,
2) wydawanie upoważnień do przeprowadzenia kontroli podatkowej,
3) podpisywanie korespondencji kierowanej do Ministra Finansów i Ministerstwa  Finansów, Szefa Krajowego Centrum Informacji Finansowej, izb administracji skarbowej, posłów i senatorów oraz prokuratury,
4) podpisywanie odpowiedzi na skargi, wnioski oraz wystąpienia i zarządzenia pokontrolne,
5) wydawanie upoważnień kierownikom komórek organizacyjnych i innym pracownikom  do załatwiania spraw w imieniu organu podatkowego,
6) podpisywanie sprawozdań,
7) podejmowanie rozstrzygnięć, podpisywanie pism i zajmowanie stanowiska w innych sprawach z zakresu komórek organizacyjnych, za wyjątkiem przekazanych do ostatecznej aprobaty kierownikom,
8) podpisywania żądań sporządzenia informacji przez banki, domy maklerskie, fundusze powiernicze i towarzystwa funduszy inwestycyjnych w zakresie określonym ordynacją podatkową,
9) wydawania zaświadczeń dla potrzeb sądów i zagranicznych organów podatkowych, 10) wydawanie decyzji i postanowień dotyczących:
a) odroczeń terminów  przewidzianych w przepisach prawa podatkowego,  z wyjątkiem terminów zastrzeżonych ordynacją podatkową,
b) odroczeń terminów płatności podatku lub rozłożeń podatku na raty,
c) odroczeń lub rozłożeń na raty zapłaty zaległości podatkowych wraz z odsetkami za zwłokę, 
d) umorzeń w całości lub w części zaległości podatkowych, odsetek za zwłokę lub opłaty prolongacyjnej.