Do kompetencji Naczelnika należą w szczególności:

1. występowanie z wnioskiem do Dyrektora Izby Skarbowej o zatwierdzenie i nadawanie Regulaminu Organizacyjnego Urzędu Skarbowego oraz wydawanie, zmiana i uchylanie wewnętrznych procedur postępowania oraz innych dokumentów o charakterze organizacyjnym skierowanych do obsługujących go pracowników,
2. reprezentacja Urzędu wobec władz oraz wyznaczanie przedstawicieli do reprezentowania Urzędu Skarbowego na zewnątrz,
3. wnioskowanie do Dyrektora Izby Skarbowej o powołanie oraz odwołanie Zastępcy Naczelnika,
4. udzielanie pisemnych upoważnień poszczególnym pracownikom do załatwiania spraw w imieniu Naczelnika Urzędu Skarbowego, w tym także do wydawania decyzji i postanowień,
5. składanie sprawozdań i informacji przedkładanych, centralnym organom administracji państwowej, jednostkom samorządu terytorialnego, Rzecznikowi Praw Obywatelskich, posłom, senatorom, sądom, prokuraturze, oraz udzielanie informacji dla prasy, radia i TV,
6. przekazywanie skarg na działanie Urzędu Skarbowego do Izby Skarbowej,
7. podejmowanie decyzji w sprawie wyłączenia pracowników od załatwiania spraw,
8. podpisywanie korespondencji do Ministerstwa Finansów, innych urzędów centralnych, izb skarbowych, izb celnych, urzędów kontroli skarbowej, prokuratur oraz organów bezpieczeństwa państwa,
9. udzielanie odpowiedzi na wystąpienia i zarządzenia pokontrolne wydane w następstwie kontroli przeprowadzanych w Urzędzie Skarbowym,
10. podpisywanie imiennych upoważnień do kontroli podatkowej,
11. występowania do banków i innych instytucji finansowo - kredytowych o udzielenie informacji objętych tajemnicą bankową o stanie konta podatnika i dokonywanych operacjach,
12. udzielanie pełnomocnictw dla radcy prawnego i pracowników obsługujących Naczelnika Urzędu Skarbowego do reprezentowania Naczelnika Urzędu Skarbowego przed sądami powszechnymi i organami orzekającymi,
13. podejmowanie rozstrzygnięć, podpisywanie pism i zajmowanie stanowiska w sprawach podatkowych i egzekucji administracyjnej, za wyjątkiem przekazanych do ostatecznej aprobaty kierownikom komórek organizacyjnych,
14. w zakresie spraw karnych-skarbowych:
    1) wydawanie postanowień o wszczęciu postępowania w sprawach o przestępstwa i wykroczenia skarbowe,
    2) występowanie do sądu o udzielenie zezwolenia na dobrowolne poddanie się odpowiedzialności,
    3) wydawanie postanowień w sprawie odmowy wszczęcia postępowania,
    4) wydawanie postanowień w sprawie umorzenia postępowania,
    5) podpisywanie aktów oskarżenia,
15.  wydawanie potwierdzeń nadania numeru identyfikacji podatkowej.