Do kompetencji Naczelnika Urzędu należy:

1. ogólne kierownictwo i nadzór nad pracą pracowników;
2. ustalanie strategii i kierunków działania Urzędu Skarbowego;
3. podejmowanie  decyzji  w  sprawach  wymagających  współpracy  z  organami  administracji rządowej  i  samorządowej,  izbami  skarbowymi,  urzędami  kontroli  skarbowej,  organami ścigania i wymiaru sprawiedliwości;
4. proponowanie rozstrzygnięć w sprawach organizacji i funkcjonowania Urzędu Skarbowego, w szczególności:
   a) struktury organizacyjnej,
   b) organizacji pracy i bieżącego funkcjonowania Urzędu Skarbowego,
   c) określania  zadań,  uprawnień  i  odpowiedzialności  komórek  organizacyjnych  Urzędu Skarbowego oraz ich kierowników,
5. ustosunkowywanie się do skarg i wniosków na działanie Urzędu Skarbowego oraz sposobu wykonywania obowiązków służbowych przez pracowników;
6. udzielanie  imiennych  pełnom ocnictw  i  upoważnień  do  działania  w  imieniu  Naczelnika Urzędu lub Urzędu Skarbowego w określonych w tych pełnomocnictwach i upoważnieniach sprawach.