W 2024 roku w Urzędzie nie przeprowadzono kontroli zewnętrznych. Jednakże w związku z prowadzoną kontrolą  w Izbie Administracji Skarbowej w Bydgoszczy przez Najwyższą Izbę Kontroli, Naczelnik Urzędu Skarbowego w Brodnicy poproszony został przez NIK o udzielenie pisemnych wyjaśnień.