Terytorialny zasięg działania Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Toruniu obejmuje województwo kujawsko-pomorskie.

Siedzibą Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Toruniu jest miasto Toruń.

W skład Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Toruniu wchodzą:
Delegatura Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Bydgoszczy, której zasięg terytorialny obejmuje powiaty:
bydgoski, inowrocławski, mogileński, nakielski, sępoleński, świecki, tucholski, żniński oraz miasto Bydgoszcz;
Delegatura Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Toruniu, której zasięg terytorialny obejmuje powiaty:
aleksandrowski, brodnicki, chełmiński, golubsko-dobrzyński, grudziądzki, lipnowski, radziejowski, rypiński, toruński, wąbrzeski, włocławski oraz miasta: Grudziądz, Toruń i Włocławek.

Naczelnik Urzędu może wykonywać kontrolę celno-skarbową na całym terytorium Rzeczypospolitej Polskiej.