Główny Księgowy sprawuje bezpośredni nadzór nad następującymi komórkami organizacyjnymi:
1.Pionu Finansowo-Księgowego (IGKF):
1) Wydział Rachunkowości Budżetowej oraz Planowania i Kontroli Finansowej (IFR),
w skład którego wchodzą:
a) Dział Planowania i Kontroli Finansowej (IFK),
b) Dział Rachunkowości Budżetowej (IFR1),
c) Referat Rachunkowości Budżetowej (IFR2),
2) Dział Płac (IFP).

2. Obowiązki i uprawnienia Głównego Księgowego reguluje ustawa o finansach publicznych.
3. Dyrektor powierza Głównemu Księgowemu obowiązki i odpowiedzialność w zakresie:
1) prowadzenia rachunkowości jednostki,
2) wykonywania dyspozycji środkami pieniężnymi,
3) dokonywania wstępnej kontroli zgodności operacji gospodarczych i finansowych z planem
finansowym,
4) dokonywania wstępnej kontroli kompletności i rzetelności dokumentów dotyczących
operacji gospodarczych i finansowych.