Terytorialny zasięg działania Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Toruniu obejmuje województwo kujawsko-pomorskie.

Siedzibą Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Toruniu jest miasto Toruń.

Naczelnik Urzędu może wykonywać kontrolę celno-skarbową na całym terytorium Rzeczypospolitej Polskiej.