Trzeci Zastępca Naczelnika upoważniony jest w szczególności do podejmowania rozstrzygnięć , podpisywania pism i zajmowania stanowiska we wszystkich sprawach z zakresu bezpośrednio nadzorowanych komórek organizacyjnych, niezastrzeżonych w regulaminie organizacyjnym Pierwszego Urzędu Skarbowego w Bydgoszczy lub w odrębnych przepisach do ostatecznej aprobaty Naczelnika Urzędu.

Trzeci Zastępca Naczelnika sprawuje bezpośredni nadzór nad następującymi komórkami organizacyjnymi:

Pion Kontroli (SZNK), w skład którego wchodzi:

a) Referat Kontroli Podatkowej (SKP),

b) Pierwszy Dział Czynności Analitycznych i Sprawdzających (SKA-1), złożony z :

- Pierwszego Referatu Czynności Analitycznych i Sprawdzających (SKA1-1),

- Drugiego Referatu Czynności Analitycznych i Sprawdzających (SKA1-2),

c) Drugi Dział Czynności Analitycznych i Sprawdzających (SKA-2), złożony z :

- Pierwszego Referatu Czynności Analitycznych i Sprawdzających (SKA2-1),

- Drugiego Referatu Czynności Analitycznych i Sprawdzających (SKA2-2),

d) Trzeci Referat Czynności Analitycznych i Sprawdzających (SKA-3),

e) Czwarty Referat Czynności Analitycznych i Sprawdzających (SKA-4),

f) Referat Identyfikacji i Rejestracji Podatkowej (SKI).