Organizacja Izby Administracji Skarbowej została określona regulaminem organizacyjnym Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy nadanym przez Dyrektora Izby na podstawie Zarządzenia Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 1 marca 2017 r. w sprawie organizacji jednostek organizacyjnych Krajowej Administracji Skarbowej oraz nadania im statutów.
Na czele Izby Administracji Skarbowej stoi Dyrektor powoływany i odwoływany z tej funkcji przez ministra właściwego do spraw finansów publicznych. Kieruje on pracą Izby za pośrednictwem Zastępców, których powołuje i odwołuje Szef Krajowej Administracji Skarbowej na wniosek Dyrektora Izby Administracji Skarbowej. Naczelnicy wydziałów i kierownicy komórek organizacyjnych, kierują ich pracami na podstawie przyznanych uprawnień, w ramach kompetencji nadanych poszczególnym pionom organizacyjnym Izby Administracji Skarbowej.
Szczegółowe kompetencje przypisane do określonych funkcji, znajdujących się w strukturze organizacyjnej Izby Administracji Skarbowej, określa regulamin organizacyjny Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy.
