Organizacja Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Toruniu została określona regulaminem organizacyjnym Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Toruniu nadanym zarządzeniem Nr 11/2023 Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy z dnia 1 lutego 2023 r. w sprawie nadania Regulaminu organizacyjnego Kujawsko-Pomorskiemu Urzędowi Celno-Skarbowemu w Bydgoszczy.
Na czele Urzędu Celno-Skarbowego stoi Naczelnik powoływany i odwoływany z tej funkcji przez Ministra Finansów na wniosek Dyrektora Izby Administracji Skarbowej.
Naczelnik Urzędu Celno–Skarbowego wykonuje zadania przy pomocy zastępców
Naczelnika Urzędu Celno–Skarbowego, kierowników oddziałów celnych, działów i referatów, kierujących wieloosobowymi stanowiskami oraz pracowników zatrudnionych na samodzielnych stanowiskach.
Szczegółowe kompetencje przypisane do określonych funkcji, znajdujących się w strukturze organizacyjnej Urzędu Celno-Skarbowego, określa regulamin organizacyjny Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Toruniu .
