Naczelnik urzędu wykonuje powierzone mu obowiązki zgodnie z przepisami prawa kierując się przy tym wytycznymi, decyzjami i poleceniami ministra właściwego do spraw finansów publicznych i Dyrektora Izby Administracji Skarbowej.
Do ostatecznej aprobaty Naczelnika Urzędu Skarbowego zastrzeżone jest:

1. wnioskowanie do Dyrektora Izby o nadanie Regulaminu organizacyjnego Urzędu Skarbowego;
2. wydawanie, zmiana i uchylanie decyzji, wewnętrznych procedur postępowania i innych dokumentów o charakterze organizacyjnym skierowanych do obsługujących go pracowników, regulujących sposób realizacji należących do niego zadań oraz związany z tym obieg dokumentów w Urzędzie Skarbowym;
3. wnioskowanie do Dyrektora Izby o powołanie oraz odwołanie Zastępcy Naczelnika;
4. udzielanie pisemnych upoważnień poszczególnym pracownikom do załatwiania spraw w imieniu Urzędu lub Naczelnika Urzędu, w tym także do wydawania decyzji i postanowień;
5. przekazywanie skarg na działanie Urzędu Skarbowego do Izby Administracji Skarbowej;
6. występowanie do banków i innych instytucji finansowo — kredytowych o udzielenieinformacji objętych tajemnicą bankową o stanie konta podatnika i dokonywanych operacji;
7. udzielanie odpowiedzi na wystąpienia i zarządzenia pokontrolne wydane w następstwie kontroli przeprowadzonych w Urzędzie Skarbowym;
8. podpisywanie imiennych upoważnień do kontroli podatkowej;
9. udzielanie pełnomocnictw dla pracowników do reprezentowania Urzędu Skarbowego lub Naczelnika Urzędu Skarbowego przed sądami powszechnymi i organami orzekającymi;
10. podejmowanie rozstrzygnięć, podpisywanie pism i zajmowanie stanowiska w innych sprawach z zakresu bezpośrednio nadzorowanych komórek organizacyjnych, za wyjątkiem przekazanych do ostatecznej aprobaty kierownikom;
11. rozstrzyganie sporów kompetencyjnych między komórkami organizacyjnymi Urzędu Skarbowego;
12. składanie sprawozdań i informacji przedkładanych centralnym organom administracji państwowej, jednostkom samorządu terytorialnego, Rzecznikowi Praw Obywatelskich, posłom, senatorom, sądom, prokuraturze, oraz udzielanie informacji dla prasy, radia i TV;
13. występowanie do sądu z wnioskiem o wpis i wykreślenie hipoteki przymusowej;
14. podpisywanie informacji w sprawie ustanowienia zastawu skarbowego podlegającemu wpisowi do Centralnego Rejestru Zastawów Skarbowych oraz wypisów z rejestru zastawów skarbowych;
15. akceptacja (zatwierdzanie) udzielanych ulg w spłacie zobowiązań, w tym w ramach pomocy publicznej.