Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy jest zobowiązany do zapewnienia adekwatnej, skutecznej i efektywnej kontroli zarządczej w kierowanej jednostce. Zgodnie z art. 68 ustawy o finansach publicznych (j.t. Dz.U. z 2013 r. ze zm.) kontrolę zarządczą w jednostkach sektora finansów publicznych stanowi ogół działań podejmowanych dla zapewnienia realizacji celów i zadań w sposób zgodny z prawem, efektywny, oszczędny i terminowy. Celem kontroli zarządczej jest zapewnienie w szczególności:

• zgodności działalności z przepisami prawa oraz procedurami wewnętrznymi;
• skuteczności i efektywności działania;
• wiarygodności sprawozdań;
• ochrony zasobów;
• przestrzegania i promowania zasad etycznego postępowania;
• efektywności i skuteczności przepływu informacji;
• zarządzania ryzykiem.